Wiele gatunków zwierząt występujących na obszarze Nadleśnictwa Waliły ze względu na małą liczebność oraz duże zagrożenie wyginięciem wpisanych zostało do „POLSKIEJ CZERWONEJ KSIĘGI". Do zwierząt tych zalicza się m.in.:

Orlik krzykliwy (Aquila pomarina). Jest gatunkiem rzadkim. Zasiedla lasy liściaste i mieszane oraz podmokłe zadrzewienia położone nad rzekami.

Puchacz (Bubo bubo). Jest gatunkiem skrajnie nielicznym. Zamieszkuje rozległe kompleksy leśne w pobliżu zbiorników wodnych.

Włochatka (Aaegolius funereus). Bardzo rzadki ptak, zamieszkujący bory z udziałem świerka w pobliżu łąk, bagien i dolin rzecznych. Gnieździ się w dziuplach starych drzew oraz budkach lęgowych.

Dzięcioł białogrzbiety (Dendrocopos leukotos) i Dzięcioł trójpalczasty (Picoides triadactylus). Pierwszy gatunek występuje w lasach liściastych i mieszanych oraz siedliskach podmokłych, drugi zaś preferuje bory świerkowe i sosnowe.

W stosunku do wszystkich wymienionych zwierząt, zgodnie z rozporządzeniem Ministra Ochrony Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt z dnia 7 października 2014 roku (Dz.U. 2014 poz. 1348) zabrania się:

• umyślnego zabijania;
• umyślnego okaleczania lub chwytania;
• umyślnego niszczenia ich jaj lub form rozwojowych;
• transportu;
• chowu;
• zbierania, pozyskiwania, przetrzymywania lub posiadania okazów gatunków;
• niszczenia siedlisk lub ostoi, będących ich obszarem rozrodu, wychowu młodych, odpoczynku, migracji lub żerowania;
• niszczenia, usuwania lub uszkadzania gniazd, mrowisk, nor, legowisk, żeremi, tam, tarlisk, zimowisk lub innych schronień;
• umyślnego uniemożliwiania dostępu do schronień;
• zbywania, oferowania do sprzedaży, wymiany lub darowizny okazów gatunków;
• wwożenia z zagranicy lub wywożenia poza granicę państwa okazów gatunków;
• umyślnego przemieszczania z miejsc regularnego przebywania na inne miejsca;
• umyślnego wprowadzania do środowiska przyrodniczego.

Innym niezwykle rzadkim ptakiem występującym na terenie nadleśnictwa jest Bielik, któremu również wyznaczono strefy ochronne. Natomiast Leśnictwa Królowe Stojło, Radunin, Lipnik Gródek i Zielona za najlepsze lokalizacje żeremi wybrały sobie Bobry.

Oprócz ochrony fauny wynikającej z decyzji administracyjnych, Nadleśnictwo Waliły realizowało i winno w dalszym ciągu kontynuować szeroko zakrojone działania profilaktyczne zmierzające do ochrony miejsc lęgowych i regularnego przebywania, pożytecznej ornitofauny i entomofauny. Dotyczy to głównie ochrony drzew dziuplastych, wywieszania budek lęgowych dla ptaków, ochrony mrowisk i ograniczenia do niezbędnego minimum środków chemicznych w zwalczaniu szkodliwych owadów i chwastów.