W ciągu kilku wieków stopniowo cofała się przed człowiekiem zasiedlającym ją z trzech zasadniczych kierunków: od strony Bugu, od strony Niemna i od strony Mazowsza. Pierwsze ślady osadnictwa na terenach puszczy pochodzą z XIII wieku. Zostało ono całkowicie zniszczone w czasie walk Jaćwingów, Prusów, Mazowszan i Rusinów a następnie Litwinów i Krzyżaków w XIII i XIV wieku. Pod koniec XIV wieku pierwsze osady spotykano za Świsłoczą i nad Niemnem. Było to osadnictwo ruskie i sporadycznie litewskie. Najstarsza kolonizacja na obszarze północnowschodniej części Puszczy Knyszyńskiej wywodzi sięz ośrodka grodzieńskiego, skąd posuwała sięwzdłuż Niemna i Świsłoczy. Południowa część Puszczy Knyszyńskiej do rzeki Supraśl znajdowała się pod koniec XIV wieku i z początkiem XV wieku w zasięgu osadnictwa ruskiego z ośrodkami w Bielsku i Surażu. Osadnictwo to mające charakter jednodworny i rozproszony rozwijało sięku północy wzdłużdrogi łączącej Podlasie z Grodnem i Rusią, która biegła z Suraża, Bielska, Brześcia do Grodna i Wołkowyska przez górny bieg Supraśli. Z tego okresu kolonizacji Puszczy pochodzi miejscowość Gródek, która została założona przy przejściu przez rzekę oraz osada Świsłoczany. Pod koniec XV wieku i na początku XVI wieku istniało już wyraźne, choć rozproszone osadnictwo na wschodnim brzegu Świsłoczy; np. Brzostownica Mała i Brzostownica Duża, a na zachodnim brzegu dwór Krynki (prawa miejskie 1509 rok), Plebanowo (założone w 1522 roku). Linia dworów: Krynki, Odelsk, Malawicze, Kuźnica, Nowy Dwór i Perstun była granicązasięgu puszczy. Około 1556 roku nastąpił podział dawnej Puszczy Grodzieńskiej na nowe jednostki, które otrzymały nazwy od przylegających do niej dworów. W ten sposób powstały Puszcze: od południa - Puszcza Kryńska biegnąca wzdłuż Supraśli i od Krynek do Sokółki, dalej na północ - Odelska, Malawicka, Kuźnicka, Nowodworska i Perstuńska – odpowiadająca dzisiejszej Puszczy Augustowskiej.

Tereny obecnego Nadleśnictwa Waliły stanowiły część Puszczy Kryńskiej (wydzielonej z rozległej Puszczy Grodzieńskiej), Gródeckiej (stanowiącej część Puszczy Błudowskiej) i Jałowieckiej (wcześniej Puszcza Wołpiańska), które należały do Wielkiego Księstwa Litewskiego. Osadnictwo postępujące od wschodu powodowało karczowanie lasów i zamianętych terenów na pola uprawne. W XVI wieku północno-wschodnia część Puszczy Kryńskiej przebiegała wzdłuż granic wsi, które obecnie noszą nazwy: Ostrów, Plebanowo, Nietupa, Szaciły, Sanniki, Łużany i Skroblaki. Około 1560 roku istniały już wsie: Skroblaki, Sanniki, Kruszyniany, Rudaki, Chomontowce, Ozierany Małe, Ozierany Duże, Ciumicze, Trejgle, śylicze, Ostrówek, Ozierskie, Bobrowniki, Narejki, Łużany, Gobiaty, Wierobie i Łosiniany.

Początki administracji leśnej związane są z organizacją służby łowieckiej. Na użytkownikach tzw. „dóbr leśnych" ciążył obowiązek utrzymywania służby łowieckiej i ochrony zwierzyny. Prawo do polowania na grubego zwierza posiadał wyłącznie panujący. Puszcza Kryńska podzielona została na 21 ostępów. Nazwy niektórych ostępów leśnych przetrwały do dnia dzisiejszego, jak np. Wierch, Radulin, Leszczany, Skrabacinka. Po ostatnim rozbiorze Polski obszar puszczy znalazł sięw obrębie Prus, a lasy puszczy stały sięwłasnością króla pruskiego. Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego tereny te weszły w skład Cesarstwa Rosyjskiego, a puszcza stała sięwłasnością państwową. Stan powyższy utrzymał siędo roku 1914.

W XIX wieku proces wylesiania puszczy właściwie się zakończył a jej granice ustabilizowały się. W końcu XIX wieku lasy puszczy zostały podzielone na oddziały o powierzchni około 100 ha. Lasy w tym czasie zagospodarowane były sposobem dzielnicowo-obiegowym, czego wynikiem było powstanie dużych powierzchni drzewostanów o zbliżonym wieku. Urządzanie lasów Puszczy Kryńskiej przeprowadzono po raz pierwszy w okresie zaborów w latach 1848-1858 metodą okresowo-powierzchniową. Dla gospodarstw określano kolej rębu, w powiązaniu z panującymi gatunkami lasotwórczymi. Dla obrębów dębowych stosowano 180-letniąkolej rębu, dla sosnowych - 120-letnią, świerkowych - 100-letnią, olszowych - 30 do 60-letnią. Plany urządzenia lasu były tworzone już na podstawie szacowania ilości drewna na pniu i przyrostu, opisie drzewostanu i warunków ich wzrostu. Zawarte w nich były wytyczne odnośnie przygotowania gleby, odnowieńi pielęgnacji. Kolejne urządzanie lasu miało miejsce w latach 1880-1890, zmniejszono powierzchnię oddziałów z 200 hektarowych na 100 hektarowe. Użytkowanie lasu prowadzono zrębami zupełnymi w układzie łącznym lub kulisowym. Odnawiano sztucznie lub z samosiewu naturalnego. Niektóre powierzchnie zrębowe oddawano na okres 2 do 3 lat pod uprawę rolną. Dla Żyźniejszych siedlisk stosowano do wyrębu i odnowienia formę „rębu ciemnego" i „rębu jasnego". Odnowienia naturalne były nazywane uprawą zwyczajną, a sztuczne uprawą nadzwyczajną. Istotne zmiany przyniósł dopiero wiek XIX, kiedy wraz ze wzmożoną eksploatacją lasów pojawiła się konieczność prowadzenia gospodarki leśnej opartej międzyinnymi na sztucznych zalesieniach. Następne urządzanie lasu przeprowadzono już w okresie międzywojennym w latach 1921-1923. Podczas I wojny światowej uległy zniszczeniu znaczne powierzchnie cennych drzewostanów. Niemcy po wybudowaniu tartaków we wsiach: Czarna Wieś (obecnie Czarna Białostocka), Czarny Blok, Waliły i Supraśl oraz wybudowaniu sieci kolejek leśnych, wyeksploatowali bądź zniszczyli i zdewastowali znaczne powierzchnie drzewostanów rębnych i przedrębnych, szczególnie w najbliższym zasięgu kolejek. Po uzyskaniu niepodległości, po pierwszej wojnie światowej, do roku 1928 Nadleśnictwo Waliły łącznie z Nadleśnictwem Krynki tworzyły jedną całość administracyjną i gospodarczą. Podczas definitywnego urządzania lasu w latach 1928-29 główny kompleks Puszczy Kryńskiej został podzielony na dwa nadleśnictwa linią wschód-zachód. Z części północnej utworzono Nadleśnictwo Krynki, a z południowej Nadleśnictwo Waliły. Obydwa nadleśnictwa weszły w skład Lasów Państwowych. W tym okresie przeprowadzono prowizoryczne urządzanie lasów tych nadleśnictw. Przyjęto wówczas podział powierzchniowy zbliżony do obecnego z wielkością oddziałów około 25 ha. W latach 1928/29 wykonano definitywne urządzanie lasu.  Był to pierwszy plan urządzenia lasu dla Nadleśnictwa Waliły obejmujący całokształt gospodarki leśnej. W latach 1920 - 1922 wystąpiła na omawianym terenie gradacja kornika drukarza, który wyrządził szkody na powierzchni 2290,57 ha drzewostanów świerkowych uszkadzając je całkowicie na powierzchni 26,05 ha. Do 1939 roku lasy nadleśnictwa były zagospodarowane metodą zrębową o szerokości zrębów 60 m i 5 letnim nawrotem cięć w układzie ostępowym. Podczas II wojny światowej w drzewostanach nadleśnictwa wystąpiły dalsze szkody. Ich nasilenie nastąpiło w 1944 roku i okresie późniejszym poprzez pożary i liczne kradzieże drewna, szczególnie w pierwszych latach powojennych. W uroczysku Skroblaki podczas działań wojennych w 1944 roku wystąpiła duża ilość pożarów, głównie przyziemnych, które zniszczyły istniejące drzewostany, a wskutek zniszczenia próchnicy doprowadziły do degradacji gleb. W okresie wojny i okupacji wycięto 618,70 ha drzewostanów rębnych, równocześnie silnie przerzedzając drzewostany w średniej klasie wieku na powierzchni 1280,00 ha, pozyskując około 275200 m3 grubizny. W latach 1945 - 1952 gospodarka nadleśnictwa oparta była na tzw. „przybliżonej tabeli klas wieku", a planowany rozmiar użytkowania wynosił 11030 m3 grubizny rocznie. W trakcie realizacji planu pozyskano razem 109621 m3 grubizny, czyli 15660 m3 grubizny rocznie. W okresie tym zalesiono 691,09 ha.

W roku 1952 opracowany został prowizoryczny plan urządzenia lasów Nadleśnictwa Waliły na okres 1.01.1953 - 31.12.1962.  Od roku 1953 do 1964, kiedy to przeprowadzono definitywne urządzenie lasu, rozmiar użytkowania rębnego (łącznie z użytkami przygodnymi w drzewostanach rębnych) wyniósł 221748 m3 (średnio rocznie 17646 m3), co stanowiło 152% założonego planu. Powierzchnia wykonanych za ten okres odnowień i zalesień wyniosła 1008,62 ha. Powierzchnia nadleśnictwa zwiększyła sięo 50,34 ha w wyniku zmian powstałych na skutek przyjęcia w latach 1960-62 uroczysk: Łużany (98,08 ha) i Grzybowce (25,78 ha) oraz przekazania torfowisk w dolnej części uroczyska Wiejki (73,52 ha). W ostatnich dwóch latach omawianego okresu gospodarczego, na skutek wyjątkowej suszy, w wielu drzewostanach świerkowych pojawiły się gniazda kornika drukarza i drukarczyka. Poza tym poważne szkody wyrządziły: huba korzeniowa, obwar sosnowy, osutka, opieńka, skrętak i zwójki. Ogólnie należy stwierdzić, że cały okres powojenny i następny, ażdo 1962 roku charakteryzował się porządkowaniem gospodarki leśnej. Definitywne urządzanie gospodarstw leśnego Nadleśnictwa Waliły wykonano w 1964 roku opracowując plan gospodarczy na okres 1.10.1964 - 30.09.1974. Zarządzeniem Nr 3 z dnia 2.10.1972 roku Dyrektor Okręgowego Zarządu Lasów Państwowych w Białymstoku na podstawie Zarządzenia Naczelnego Dyrektora Lasów Państwowych (Dziennik Urzędowy Ministerstwa Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego Nr 49 z dnia 30 września 1972 roku „Komunikat Naczelnego Dyrektora Lasów Państwowych w sprawie zmian organizacyjnych w Lasach Państwowych") utworzył nowe Nadleśnictwo Waliły w skład którego weszły dotychczasowe Nadleśnictwa Waliły i Krynki. Nadleśnictwo Waliły składało sięz dwóch obrębów o nazwach Waliły i Krynki utworzonych w granicach dotychczasowych nadleśnictw. Nadleśnictwo w takim kształcie istniało do 1992 roku, kiedy to w wyniku znacznego zwiększenia powierzchni obu obrębów powrócono do dawnego podziału na dwa samodzielne nadleśnictwa.