W oparciu o dostępne opracowania odnoszące się do regionu, w tym plany ochrony przyrody rezerwatów, sporządzono listę roślin grzybów i zwierząt podlegających ochronie prawnej, a występujących na terenie objętym zasięgiem terytorialnym Nadleśnictwa Waliły.

Wiele gatunków zwierząt występujących na obszarze Nadleśnictwa Waliły ze względu na małą liczebność oraz duże zagrożenie wyginięciem wpisanych zostało do „POLSKIEJ CZERWONEJ KSIĘGI". Do zwierząt tych zalicza się m.in.:

Orlik krzykliwy (Aquila pomarina). Jest gatunkiem rzadkim. Zasiedla lasy liściaste i mieszane oraz podmokłe zadrzewienia położone nad rzekami.

Włochatka (Aaegolius funereus). Jest sową o niewielkich rozmiarach, zamieszkujące bory z udziałem świerka w pobliżu łąk, bagien i dolin rzecznych. Gnieździ się w dziuplach starych drzew oraz budkach lęgowych.
 

Dzięcioł białogrzbiety (Dendrocopos leukotos) i Dzięcioł trójpalczasty (Picoides triadactylus). Pierwszy gatunek występuje w lasach liściastych i mieszanych oraz siedliskach podmokłych, drugi zaś preferuje bory świerkowe i sosnowe.

W stosunku do wszystkich wymienionych zwierząt, zgodnie z rozporządzeniem Ministra Ochrony Środowiska w sprawie ochrony gatunkowej zwierząt zabrania się:

• umyślnego zabijania;
• umyślnego okaleczania lub chwytania;
• umyślnego niszczenia ich jaj lub form rozwojowych;
• transportu;
• chowu;
• zbierania, pozyskiwania, przetrzymywania lub posiadania okazów gatunków;
• niszczenia siedlisk lub ostoi, będących ich obszarem rozrodu, wychowu młodych, odpoczynku, migracji lub żerowania;
• niszczenia, usuwania lub uszkadzania gniazd, mrowisk, nor, legowisk, żeremi, tam, tarlisk, zimowisk lub innych schronień;
• umyślnego uniemożliwiania dostępu do schronień;
• zbywania, oferowania do sprzedaży, wymiany lub darowizny okazów gatunków;
• wwożenia z zagranicy lub wywożenia poza granicę państwa okazów gatunków;
• umyślnego przemieszczania z miejsc regularnego przebywania na inne miejsca;
• umyślnego wprowadzania do środowiska przyrodniczego.

Dla ochrony stanowisk najrzadszych gatunków ustalono dodatkowe przepisy w postaci ochrony strefowej. Na obszarze Nadleśnictwa Waliły wyznaczono 10 stref ochrony ptaków, tj. bielika, orlika krzykliwego oraz włochatki.

Ponadto Nadleśnictwo Waliły stanowi ostoję dziko żyjącego stada żubrów. Dla ochrony tego gatunku utworzono rezerwat przyrody Chomontowszczyzna. Według danych na początek 2024 r. dziko żyjące stado żubrów w Puszczy Knyszyńskiej liczyło 322 osobniki. Od lat Nadleśnictwo Waliły prowadzi szereg działań w celu zachowanie tego gatunku angażując się w liczne projekty ochrony.

Działania ochrony czynnej w ramach projektów objęły też inne zagrożone gatunki tj.: cietrzew, orlik krzykliwy, szlaczkoń szafraniec, sasanka otwarta i leniec bezpodkwiatkowy.