Obszary Natura 2000 to ustawowe formy ochrony przyrody, których celem  jest ochrona konkretnych siedlisk i gatunków uznanych za zagrożone w swoim naturalnym zasięgu występowania. Wyznaczane są one we wszystkich krajach Unii Europejskiej tworząc spójną  Europejską Sieć Ekologiczną.

Obszary te ze względu na przedmiot ochrony dzieli się na:

1.  Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) wyznaczane dla ochrony populacji dziko występujących ptaków jednego lub wielu gatunków w granicach, w których ptaki mają korzystne warunki bytowania w ciągu całego życia, w dowolnym jego okresie albo stadium rozwoju.

2.  Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk (SOO) wyznaczane w celu trwałej ochrony siedlisk przyrodniczych lub populacji zagrożonych wyginięciem gatunków roślin i zwierząt.

W zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Waliły znajdują się 2 obszary Natura 2000:

PLB200003 – OSO Puszcza Knyszyńska;

PLH200006 – SOO Ostoja Knyszyńska;

Puszcza Knyszyńska  PLB 200003

Jest to dość silnie rozczłonkowany kompleks leśny, którego wiele fragmentów zachowało jeszcze naturalny charakter. W puszczy dominują drzewostany iglaste (ok. 80% powierzchni leśnej). Tereny nieleśne zajęte są przez pola uprawne i użytki zielone oraz dość liczne osiedla ludzkie. Walorem Puszczy są liczne źródliska oraz czyste strumienie i rzeczki. Istnieje tu około 450 wypływów wód podziemnych w postaci źródeł, młak i wysięków. Na rzekach utworzonych jest kilka zbiorników zaporowych. Rzeźba terenu jest bardzo zróżnicowana, deniwelacje względne dochodzą tu do 80 m. Doliny rzek, w większości osuszone, zajęte są przez torfowiska niskie i przejściowe. Na lokalnych wododziałach, w bezodpływowych zagłębieniach terenu, rozwinęły się torfowiska przejściowe i rzadziej torfowiska wysokie. Puszcza Knyszyńska jest jednym z najcenniejszych kompleksów leśnych w Polsce. Jej lasy mają charakter subborealny, a krajobraz przypomina południowo-zachodnią tajgę.

Ostoja Knyszyńska PLH 200006

Ostoja Knyszyńska obejmuje rozległy kompleks leśny Puszczy Knyszyńskiej, którego wiele fragmentów zachowało naturalny charakter, rozcięty przez użytkowane rolniczo doliny niewielkich rzek i polany, otoczony przez obszary o ekstensywnej gospodarce rolnej, o mozaikowatym krajobrazie, z licznymi torfowiskami. Rzeźba terenu jest bardzo zróżnicowana, występuje tu duże zagęszczenie różnorodnych form geomorfologicznych, takich jak kemy, ozy, doliny i baseny wytopiskowe. Względne wysokości wzgórz dochodzą do kilkudziesięciu metrów, a nachylenia stoków do 30 stopni. Najwyższe wzniesienia występują na Wzgórzach Świętojańskich, najniżej położone miejsca znajdują się w dolinie Supraśli. Około 50% obszarów hydrogenicznych jest zatorfiona, a wskaźnik zatorfienia oscylujący w granicach 10% wskazuje, że jest to jeden z najbardziej zabagnionych regionów w Polsce.

W Puszczy dominują drzewostany iglaste. Największe powierzchnie porastają bory brusznicowe i sosnowo-świerkowe bory mieszane świeże. Lasy liściaste Puszczy to przede wszystkim grądy, olsy, sosnowo-brzozowe lasy bagienne, a w dolinach rzecznych łęgi jesionowo-olszowe i olszowo-świerkowe.

Na obszarze wyróżniono 12 siedlisk przyrodniczych z załącznika I Dyrektywy siedliskowej, wszystkie uznano za przedmioty ochrony [SDF PLH200006]. Dominują tu siedliska leśne, głównie 9170 – grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny, znaczne powierzchnie mają 91D0 – bory i lasy bagienne i 91E0 – łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe. Spośród siedlisk nieleśnych największą powierzchnię mają 6150 – niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie.

Spośród 7 gatunków roślin z załącznika II Dyrektywy siedliskowej 5 uznano za przedmioty ochrony [SDF PLH200006]. Jest to jedna z największych w Polsce ostoi sasanki otwartej. Stwierdzono tutaj także 17 gatunków zwierząt (poza ptakami) z załącznika II Dyrektywy, z których 15 uznano za przedmioty ochrony. Jest to ważna ostoja dużych ssaków: żubra, wilka i rysia.